漆黑的夜晚,一名探子悄然潜入日本警方某机构,盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一(池田秀一 配音)旋即与探子展开追逐。最后,逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天,柯南(高山南 配音)和伙伴们来到东都水族馆观光,结果发现一名受伤的美丽女子(天海佑希 配音)。该女子处于失忆状态,身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆,当他们七嘴八舌之际,藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德(小山茉美 配音)冷冷地注视着这一切。在相处过程中,女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀(林原惠美 配音)对其真实身份产生怀疑。
刚刚还一派祥和的水族馆,沉浸在快乐之中的人们,根本会想到随着那名神秘女子技艺的恢复,自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中…… 这部动漫优美的画面充满天马行空的童话色彩,动画中洋溢着的自然美好,唤醒了许多成年人尘封已久的儿时回忆。该动漫用传统的二维绘画,描绘了一个充满人情味的世界,该动漫以童年为主题,整个动漫的画工清新醇正,轻柔流动的配乐让动漫更加曼妙可言,该动漫所表达的是洋溢着天真烂漫的童真气息和满满的温情友善。